蒙古的SARS-CoV-2分子流行病学,低收入和中等收入国家纳米孔测序的首次经验,设置为低收入和中等收入国家
Munkhtuya Erendereg1,2, Suvd Tumurbaatar3, Otgonjargal Byambaa1
1Department of Microbiology and Infection Prevention Control, School of Biomedicine, Mongolian National University of Medical Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia.
Immunity, inflammation and disease
|December 29, 2023
概括
蒙古 蒙古 蒙古 蒙古 蒙古
科学领域:
- 分子流行病学分子流行病学
- 传染病的基因组监测传染病的基因组监测
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 冠状病毒疾病 (COVID-19) 的全球影响需要对严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 变种进行基因组研究.
- 在疫苗可用之前,蒙古保持了较低的COVID-19流行率.
- 蒙古有限的系统数据收集和全基因组测序能力促使了这项研究.
研究的目的:
- 为2020-2021年在蒙古开展SARS-CoV-2的全国代表性的分子流行病学研究.
- 分析在蒙古境内SARS-CoV-2血统模式和变种流通情况.
- 在蒙古建立SARS-CoV-2的初始全基因组测序能力.
主要方法:
- 从2020年11月到2021年10月储存的生物样本的回顾性分析.
- 变种特定的实时逆转录聚合酶链反应 (RT-PCR) 用于SARS-CoV-2检测.
- 使用纳米孔技术对循环值<30.0的样本进行全基因组测序.
主要成果:
- 在4879个核酸测试中,获得了799个全基因组序列.
- 20B (B.1.1.46) 变种在早期的局部传播期间占主导地位.
- 与全球趋势相比,Alpha和Delta变种的引入和传播延迟;Beta和Gamma变种没有被检测到.
结论:
- 蒙古的公共卫生紧迫性可能推迟了SARS-CoV-2变种的传播,例如阿尔法和三角形.
- 这项研究分享了蒙古SARS-CoV-2全基因组测序的初步经验,解决了测序数据的差距.
- 这些发现有助于理解国家SARS-CoV-2变种动态,并为未来的基因组监测策略提供信息.
