热性溶解从甲固定档案组织中提取gDNA
Erin E Hahn1, Marina Alexander1, Jiri Stiller2
1National Research Collections Australia, Commonwealth Scientific Industrial Research Organisation, Canberra, ACT, Australia.
PloS one
|January 2, 2024
概括
固定在形式素中的标本现在可以产生有价值的基因组数据. 这种新协议可以从档案组织中提取DNA,从而揭开进化历史和适应的洞察力.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 从历史上看,形式素的固定阻碍了档案标本的基因组分析.
- 数以百万计的历史样本是新的方法潜在的分子资产.
研究的目的:
- 提出评估和从档案样本中提取DNA以进行测序的协议.
- 为了能够对历史藏品进行更广泛的基因组和遗传学分析.
主要方法:
- 对样品降解和保存介质的非破坏性评估.
- 热性溶解 (0.1M NaOH,1% SDS,pH 13) 用于组织溶解和去交叉链接.
- :酸提取与SPRI珠子清理相结合,用于DNA恢复.
主要成果:
- 从保存良好的样本中,每50毫克组织产生1-2μg的DNA.
- 产生50-150bp的DNA片段,适用于线粒体和部分核基因组重建.
- 实现高达25倍的核基因组覆盖,并使读取映射成为可能.
结论:
- 该协议使得档案标本可用于基因组研究.
- 有助于更深入地了解进化趋势和环境适应.
- 开辟了历史样本的大规模遗传和遗传学分析的途径.
