高品质的基因组资源Lasiodiplodia pseudotheobromae与欧树的死回相关联

科学领域:

• 菌类学 菌类学是指菌类学.
• 植物病理学 植物病理学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• Lasiodiplodia pseudotheobromae是一种广泛传播的真菌病原体,会引起诸如死后和癌症之类的重大植物疾病.
• 了解其遗传构成对于开发有效的疾病管理策略至关重要.

研究的目的:

• 为Lasiodiplodia pseudotheobromae生成高质量的基因组组合和序列注释资源.
• 为了促进未来对这个重要的真菌病原体的系统学,种群遗传学和基因组学的研究.

主要方法:

• 使用牛津纳米孔 (ONT) 和Illumina HiSeq技术对五个L. pseudotheobromae分离物的测序.
• 基因组组装和蛋白质编码基因的预测.
• 使用公共数据库和病原体宿主相互作用 (PHI) 数据库对预测的蛋白质进行注释.

主要成果:

• 产生了从43Mb到43.86Mb的基因组组件.
• 预测每个基因组有超过11000个蛋白质编码基因,其中超过4300个被确定为潜在的毒性基因.
• 与相关物种相比,在L. pseudotheobromae中确定了7,408个共享基因群和152个独特基因群.

结论:

• 这项研究为Lasiodiplodia pseudotheobromae提供了有价值的,高质量的基因组数据.
• 这些基因组资源将支持进一步研究病原体的生物学,进化和宿主相互作用.