大肠杆菌 (Escherichia coli) O157:H7 255 T A等位基因菌株在染色体和等位基因构成上有所不同
Margaret D Weinroth1, Michael L Clawson1, Gregory P Harhay1
1Department of Molecular Microbiology and Immunology, USDA ARS Meat Animal Research Center, Clay Center, NE, United States.
Frontiers in microbiology
|January 3, 2024
概括
在人类疾病中,Shiga毒素产生大肠杆菌 (STEC) O157:H7菌株的T等位基因在转位的因丁胺受体 (tir) 255基因上更为频繁. 与这种多态性相关的基因组差异可能解释了这种关联.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 携带T等位基在转位因丁胺受体 (tir) 255多态的滋賀毒素生成性大肠杆菌 (STEC) O157:H7菌株比携带A等位基的菌株更频繁地与人类疾病有关.
- 这种差异性疾病关联的潜在遗传基础尚未完全理解.
研究的目的:
- 为了研究STEC O157:H7菌株之间的基因组差异,该菌株在Tir 255多态化中含有A与T等位基因.
- 识别可能解释T等位基因菌株在人类感染中增加的流行率的遗传因素.
主要方法:
- 一个多样化的STEC O157:H7菌株集合的全基因组测序,按其Tir 255等位基因 (A或T) 分类.
- 对比基因组分析以确定染色体大小的变异,等离子体含量 (pO157和非pO157),基因含量和prophage组成.
主要成果:
- 与T等位基因菌株相比,STEC O157:H7菌株的 tire 255 A等位基因表现出显著更大的染色体和pO157等位基因尺寸和基因含量.
- 18个编码序列是A等位基因染色体独有的,而3个是T等位基因染色体独有的. 对于每个等位基变体,也确定了独特的非pO157等位基.
- 虽然总体prophage数量没有差异,但在两个等位基组之间观察到不同的prophage类型.
结论:
- 基因组变异和与STEC O157:H7菌株中Tir 255多态相关的移动遗传元素可能有助于观察到与人类疾病的差异性关联.
- 这些发现凸显了全面基因组分析在了解细菌毒性和疾病流行病学方面的重要性.
