对转录起点选择的定量分析显示,通过DNA序列,RNA聚合酶II活性和NTP水平进行控制

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 遗传学 是一个遗传学.
• 生物化学 生物化学

背景情况:

• 转录开始部位 (TSS) 选择对于基因表达调节至关重要.
• 促进子序列和RNA聚合酶II (Pol II) 活动影响TSS选择效率.
• 了解这些因素是解读基因表达控制的关键.

研究的目的:

• 量化剖析促进体序列,核三酸盐 (NTP) 水平和Pol II活性对TSS选择的贡献.
• 开发一个基于序列的启动效率的预测模型.
• 调查NTP水平对Pol II启动的影响.

主要方法:

• 开发和应用Pol II MASTER (大规模系统的转录终端读取),这是一个大规模的并行记者测试.
• 在Saccharomyces cerevisiae中的1,000,000个TSS序列中对Pol II启动效率的定量测量.
• 对促进体序列,NTP基质水平和Pol II活动对TSS选择的影响的分析.

主要成果:

• 波尔II MASTER证实了特定TSS序列位置 (-8, -1, +1) 的关键作用,并量化了它们的影响.
• 发现周围的序列可以在广泛的范围内调整启动效率.
• 基于序列的启动效率的预测模型被开发出来.
• 对Pol II活动的遗传干扰调节了启动效率和核酸偏好.
• 发现特定的NTP水平 (GTP,CTP,UTP) 在特定的转录位置直接影响Pol II启动效率.

结论:

• 波尔II MASTER提供了一种定量方法,用于剖析真核细胞中转录启动的过程.
• 促进子序列和NTP水平代表着影响基因表达的关键调节层.
• NTP水平可以对启动产生转录特异性影响,揭示了一个新的监管机制.