澳大利亚胡静脉黄色病毒的基因组变异,包括一个新的假定变异,PeVYV-10

科学领域:

• 植物病毒学 植物病毒学
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 胡静脉黄色病毒 (PeVYV) 是一种波勒病毒,于2016年首次在澳大利亚被发现.
• 从那时起,零星调查在不同地点的各种作物和杂草中检测到PeVYV.

研究的目的:

• 为了研究在澳大利亚发现的PeVYV样分离物的遗传多样性.
• 为了识别和描述PeVYV.的潜在新变体或相关病毒.

主要方法:

• 使用RT-PCR针对特定基因组区域 (RdRp,基因间区域,ORF 3a,ORF 4,ORF 3) 的14个PeVYV样分离物的基因组比较.
• 来自六个受感染的植物的八个PeVYV类序列的高通量测序.
• 基因基因分析基于核酸和氨基酸序列的身份.

主要成果:

• 在14个分析的分离物中,有4个呈现出一种新变体或类似PeVYV病毒的特征.
• 高通量测序确定了八个不同的PeVYV类序列,其中两个宿主有两个不同的隔离物.
• 三个分离物体与已知的PeVYVs具有较低的全基因组核酸同一性 (69-74%),但在关键蛋白质 (ORF 3a,ORF 3,RdRp) 中具有较高的氨基酸同一性,这表明一种暂时命名为PeVYV-10的新型病毒.
• 这项研究报告了第一个像PeVYV这样的病毒感染大的例子.

结论:

• 基因组分析支持一种新的PeVYV类病毒PeVYV-10的存在.
• PeVYV-10代表了一个独特的病毒实体,与之前识别的PeVYV菌株有显著的遗传分歧.
• 在大中发现的PeVYV-10突出显示了新波列罗病毒宿主的潜力,并强调了持续病毒监测的必要性.