相关实验视频
Updated: Jul 6, 2025
10:37
Induction and Analysis of Epithelial to Mesenchymal Transition
Published on: August 27, 2013
35.8K
使用R的单细胞RNA测序数据推断上皮质到介质细胞的过渡轨迹的协议
Annice Najafi1, Mohit Kumar Jolly2, Jason T George3
1Department of Biomedical Engineering, Texas A&M University, College Station, TX 77843, USA.
STAR protocols
|January 6, 2024
概括
我们推出COMET,一个R包,用于分析癌症中的上皮细胞到介质细胞过渡 (EMT). COMET从单细胞RNA测序数据中推断出EMT轨迹和过渡率,有助于癌症转移研究.
科学领域:
- 计算生物学是一种计算生物学.
- 癌症研究 癌症研究
- 单细胞基因组学 单细胞基因组学
背景情况:
- 皮质转介质过渡 (EMT) 是癌症转移的一个关键过程.
- 了解EMT动态对于癌症预后和治疗开发至关重要.
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 提供了像EMT这样的细胞过渡的高分辨率洞察力.
研究的目的:
- 介绍COMET,一个新的R包,旨在分析EMT.
- 为了从scRNA-seq数据中推断EMT轨迹和州际过渡率.
- 为剖析癌症中的EMT异质性提供一个计算框架.
主要方法:
- 关于COMET R包的发展.
- 使用scRNA-seq数据推断EMT轨迹.
- 连续时间马尔科夫链 (CTMC) 模型用于轨迹的应用.
- 确定最佳基因组和估计过渡率的方法.
主要成果:
- 康美特促进了与EMT相关的基因表达模式的识别.
- 该套件可以对EMT轨迹动态进行可靠的估计.
- 在EMT过程中可以准确推断州际过渡率.
- 在单个细胞中,COMET提供了一个量化EMT进展的框架.
结论:
- 对于研究EMT和癌症转移的研究人员来说,COMET提供了一个有价值的工具.
- 该包增强了scRNA-seq数据的分析,以了解动态细胞过程.
- 通过提供对EMT的定量见解,COMET有助于促进癌症研究.
