通过数字PCR量化低水平的人类细胞巨乳病毒和爱斯坦-巴尔病毒DNAemia的量化
DeVon N Hunter-Schlichting1, Rachel I Vogel2, Melissa A Geller2
1Masonic Cancer Center, University of Minnesota, Minneapolis, MN, United States; Division of Epidemiology and Clinical Research, University of Minnesota, Minneapolis, MN, United States.
Journal of virological methods
|January 6, 2024
概括
数字PCR (dPCR) 有效量化了低水平细胞巨血病毒 (CMV) 和爱斯坦-巴尔病毒 (EBV) 的DNAemia. 用滴滴基dPCR的血清样本为病毒再激活研究提供最佳检测.
科学领域:
- 分子诊断学 分子诊断学
- 病毒学 病毒学
- 生物标志物的量化和量化.
背景情况:
- 数字PCR (dPCR) 是一种敏感的方法,用于量化无细胞病毒DNA (DNAemia),这是活跃病毒感染的关键指标.
- 在慢性疾病中调查低水平的病毒活性需要精确检测DNAemia.
- 细胞巨乳病毒 (CMV) 和爱斯坦-巴尔病毒 (EBV) 是重要的疹病毒,通常与病毒重新激活有关.
研究的目的:
- 评估dPCR平台用于检测CMV和EBVDNAemia的性能.
- 为了比较基于滴滴和基于芯片的dPCR系统,使用各种血基 (血清和血).
- 根据dMIQE指南进行可靠的量化验证dPCR测定.
主要方法:
- 基于滴滴 (BioRad) 和基于芯片 (BioMark) 的dPCR平台的比较分析.
- 用CMV和EBVDNA基准材料进行化实验,将其化成阴性血清和血样本.
- 对两个独立的卵巢癌患者队列 (65个血清,79个血样本) 进行病毒DNAemia的评估.
主要成果:
- 这两种dPCR平台都达到100个副本/毫升左右的量化极限 (LOQ).
- 与血 (115-135副本/毫升) 相比,血清样本显示的LOQ略低 (105-110副本/毫升).
- 在平台之间观察到高相关性 (r > 0.90),患者样本的变化系数 (CVs) 低于8%.
结论:
- dPCR可靠量化了低水平的疹病毒DNAemia,具有可接受的可变性 (CVs <8%).
- 建议使用血清衍生的无细胞DNA进行滴滴式dPCR,以获得最佳的低水平病毒DNAemia量化.
- 基于等离子体和芯片的dPCR方法是对病毒再激活的流行病学调查的可行替代方案.
