用不同的聚合酶放大的人类线粒体的低水平点异质体检测,并在MiSeq FGx平台上进行测序

科学领域:

• 遗传学 遗传学 是一个
• 分子生物学分子生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 大规模并行测序线粒基因组通常涉及PCR放大步骤.
• PCR放大可以影响数据质量,特别是在线粒体DNA (mtDNA) 中检测低水平异质体.

研究的目的:

• 评估和比较两个不同的DNA聚合酶的可靠性,以检测人类线粒基因组中的同质体和异质体替代.
• 评估PCR放大对mtDNA变异检测灵敏度和准确性的影响.

主要方法:

• 来自五个样本的人类线粒基因组使用长PCR酶混合或TaKaRa LA Taq DNA聚合酶进行了放大.
• 图书馆使用NexteraTM XT DNA套件进行准备,并在Illumina MiSeq FGx平台上进行测序.
• 确定了mtDNA替代,重点关注超出1%频率值的替代变异.

主要成果:

• 这两种聚合酶都始终确定了同质体mtDNA替代物.
• 与TaKaRa LA Taq DNA聚合酶相比,长PCR酶混合在检测低级别异质体中表现出更高的准确性,该聚合酶显示了更多的假阴性和假阳性.
• 在特定的测序条件下 (≥10,000x覆盖率),两个系统都可靠地检测到超过3.61%的少数变异水平的真实mtDNA替代.

结论:

• 使用MiSeq FGx平台检测点异质体的精度和灵敏度受到用于mtDNA放大的DNA聚合酶的影响.
• 在法医或医学遗传学中实施前,验证用于mtDNA替代检测的实验室协议至关重要.
• 建议对PCR试剂进行仔细选择,以进行敏感的异质体分析.