评估使用现场和实验方法在水中检测罕见鱼的环境DNA
Ann E Holmes1,2, Melinda R Baerwald3, Jeff Rodzen4
1Genomic Variation Laboratory, University of California, Davis, Davis, California, United States.
PeerJ
|January 8, 2024
概括
对稀有水生物种的环境DNA (eDNA) 检测灵敏度受到水度和过方法的影响. 在的水中使用玻璃纤维过器和预过可以提高对delta smelt eDNA的检测率.
科学领域:
- 环境DNA (eDNA) 分析
- 检测水生物种的检测方法
- 保护遗传学 保护遗传学
背景情况:
- 环境DNA (eDNA) 检测灵敏度通常会在水中降低,这是一个鲜为人知的因素.
- 三角洲 (Hypomesus transpacificus) 是一个临灭绝的鱼类,居住在的河口环境中,使其eDNA检测具有挑战性.
- 现有的eDNA方法需要优化,以在复杂的环境条件下检测罕见物种.
研究的目的:
- 调查水度和过技术对 delta smelt 的 eDNA 检测灵敏度的影响.
- 为了确定最佳的过方法,以最大限度地提高eDNA在不同度水平的恢复.
- 评估度和过器类型对eDNA检测概率和数量的影响.
主要方法:
- 现场eDNA采样与对三角洲的拖网调查同时进行.
- 实验室实验评估了在低eDNA度的非杂水 (5NTU) 和杂水 (50NTU) 中的eDNA检测.
- 测试了四种过器类型 (子,玻璃纤维,聚碳酸) 和预过;使用qPCR和审查数据方法分析了eDNA副本数量.
主要成果:
- 特定物种的qPCR测定显示与拖网调查一致,但在现场样本中显示出较弱的eDNA信号.
- 玻璃纤维过器在不水和水中显示出最高的检测率和eDNA复制数.
- 预过增强了与子和聚碳酸过器一起使用的水中的检测;度显著影响了检测概率和eDNA副本.
结论:
- 水的度和过器类型对稀有水生物种的eDNA检测灵敏度有重大影响.
- 玻璃纤维过器推用于清和的河口水域的eDNA分析.
- 优化过策略,包括对杂样品进行预过,对于改善稀有物种eDNA调查效率至关重要.
