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Updated: Jul 6, 2025
10:24
Next-generation Sequencing of 16S Ribosomal RNA Gene Amplicons
Published on: August 29, 2014
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检测动物性Cryptosporidiumspp. 的检测 在小型野生动物中使用基于安普利康的下一代测序
Rosalina Rotovnik1, Tatiana Siegler Lathrop2, Jakob Skov3
1Laboratory of Parasitology, Department of Bacteria, Parasites & Fungi, Statens Serum Institut, Artillerivej 5, DK-2300 Copenhagen S, Denmark.
Parasite epidemiology and control
|January 8, 2024
概括
丹麦的动物携带常见的动物性Cryptosporidium物种,包括Cryptosporidium parvum. 这项研究使用下一代测序 (NGS) 来识别野生动物中的Cryptosporidium,揭示了高感染率和混合感染.
科学领域:
- 兽医寄生虫学 兽医寄生虫学
- 分子流行病学分子流行病学
- 动物传播疾病 动物传播疾病
背景情况:
- 动物是动物感染的Cryptosporidium物种的潜在储库,但分子数据有限.
- 了解动物群体中Cryptosporidium的患病率对于评估动物感染风险至关重要.
研究的目的:
- 调查丹麦野生动物中Cryptosporidium物种的存在和多样性.
- 用下一代测序 (NGS) 来对动物中的Cryptosporidium进行分子查.
- 确定在鼠和鼠动物中动物性Cryptosporidium物种的流行率.
主要方法:
- 分析了来自丹麦西兰的58只动物 (murid和cricetid) 的便和直肠样本.
- 在Cryptosporidium查中使用了基于AMPLICON的核糖体基因下一代测序 (NGS).
- 针对SSUrRNA,gp60和actin基因的常规PCR用于确认和基因定型.
主要成果:
- 在69% (40/58) 的动物中检测到Cryptosporidium DNA.
- 在30% (12/40) 的阳性动物中发现了混合的Cryptosporidium感染.
- 最常见的物种是Cryptosporidium ditrichi (48%),其次是Cryptosporidium parvum (7%),通常是同时感染的.
结论:
- 这项研究是首次使用NGS对野生动物进行Cryptosporidium查,并提供来自丹麦的分子数据.
- 包括C. parvum在内的动物性Cryptosporidium物种在丹麦西兰的野生动物中很常见.
- 这些发现凸显了动物作为动物性Cryptosporidium的潜在储存库的重要性.
