使用PacBio HiFi读取和Hi-C技术,在驼鱼的染色体层次的基因组组装
Jinxiang Liu1,2,3, Huibang Sun1, Lei Tang1
1MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences/Key Laboratory of Tropical Aquatic Germplasm of Hainan Province, Sanya Oceanographic Institution, Ocean University of China, Qingdao/Sanya, China.
Scientific data
|January 9, 2024
概括
我们组装了高质量的基因组,用于珍贵的驼背 (Cromileptes altivelis),这是一个罕见的珊瑚礁鱼. 这种基因组资源有助于未来的研究和水产养殖改进这一商业重要物种.
科学领域:
- 海洋基因组学 海洋基因组学
- 水产养殖是水产养殖的一种方式.
- 进行比较基因组学.
背景情况:
- 驼背 (Cromileptes altivelis) 是一种稀有,高价值的珊瑚礁鱼.
- 目前的人工生殖和繁殖技术有限,需要改进.
- 高质量的参考基因组对于理解和增强水产养殖实践至关重要.
研究的目的:
- 组装一个高质量的参考基因组的驼背.
- 为未来的功能研究和遗传资源开发提供基因组工具.
- 研究遗传学分类,并确定与适应相关的基因组特征.
主要方法:
- 使用全基因组测序进行基因组组装.
- 使用Hi-C技术将脚手架固定到伪染色体上.
- 遗传学和比较基因组分析.
- 基因家族扩张分析.
主要成果:
- 一个1.08Gb的基因组组件被生成了一个contigN50的43.78Mb.
- 96.59%的组件是固定在24个伪染色体上.
- 确定了24442个蛋白质编码序列,其功能注释率为99.3%.
- 遗传学分析表明,它们被重新归类为Epinephelus属.
- 观察到与昼夜活动相关的基因家族显著扩大.
结论:
- 现在可以获得驼的高质量参考基因组.
- 这种基因组是基因组资源开发和功能研究的宝贵工具.
- 这些发现支持潜在的重新分类,并突出了参与适应的基因.


