从测序澳大利亚的非侵入性和侵入性Streptococcus pyogenes分离物中获得的见解
Trent A J Butler1, Chloe Story2, Emily Green1
1Microbiology, NSW Health Pathology, John Hunter Hospital, New Lambton Heights, New South Wales, Australia.
Microbial genomics
|January 10, 2024
概括
在新南威尔士州对Streptococcus pyogenes的基因组测序揭示了不同的emm型和M1UK变种的存在. 这项研究提供了关于澳大利亚侵入性和非侵入性A型 estreptococcus菌株的关键遗传数据.
科学领域:
- 微生物学与传染病的研究
- 基因组学和分子流行病学
- 公共卫生监督 公共卫生监督
背景情况:
- 在过去的二十年中,澳大利亚的入侵性A型 estreptococcus (GAS) 感染率不断上升.
- 新南威尔士州 (NSW) 的GAS遗传监测数据有限,特别是在非侵入性感染方面.
- 自2022年7月以来,入侵性GAS (iGAS) 感染的国家报告义务需要更好的理解.
研究的目的:
- 用全基因组测序来描述新南威尔士州Streptococcus pyogenes分离物的遗传多样性.
- 在循环GAS菌株中识别emm型,抗微生物耐药性基因和毒性因子.
- 为澳大利亚的侵入性和非侵入性GAS感染提供遗传数据.
主要方法:
- 全基因组测序来自新南威尔士州的318个Streptococcus pyogenes分离物.
- 从侵入性感染 (2007-2017) 和非侵入性感染 (2019-2021) 中收集的隔离物.
- 对emm类型,抗菌素耐药性基因 (例如,tetM, ermA/B) 和超抗原毒性基因的分析.
主要成果:
- 在新南威尔士州,至少确定了66种与GAS疾病相关的不同 emm-type.
- 从2013年起检测到emm1全球大流行克隆 (M1global) 的M1UK变种.
- 在<10%的分离物中发现抗菌素耐药性基因,在非侵入性感染中更频繁;超抗原基因携带在感染类型之间是相似的.
结论:
- 该研究提供了关于澳大利亚历史性S. pyogenes感染的广泛遗传数据,没有证据表明澳大利亚特有的克隆.
- 建议在新南威尔士州对侵入性和非侵入性GAS进行持续的全基因组测序监测.
- 监测可以为疫情管理,抗菌素耐药性趋势和潜在的疫苗疗效提供信息.
关键词:
一组A型链球菌
