在废水中直接检测狗皮科纳病毒的完整编码序列,使用远程逆转录酶聚合酶链反应和长读测序
Temitope O C Faleye1, Erin M Driver1, Jillian M Wright1
1Biodesign Center for Environmental Health Engineering, Biodesign Institute, Arizona State University, Tempe, AZ 85287, USA.
概括
研究人员使用先进的测序在废水中发现了狗皮科纳病毒. 这种方法提高了兽医病毒的基因组流行病学,即使在资源有限的地区.
科学领域:
- 环境病毒学 环境病毒学
- 分子流行病学分子流行病学
- 下一代测序的测序方法
背景情况:
- 污水监测是监测传染病的有力工具.
- 基因组流行病学为病毒进化和传播动态提供了洞察力.
- 狗皮科纳病毒可能会导致重大兽医健康问题.
研究的目的:
- 报告在废水中检测和描述狗皮科纳病毒 (CPiV).
- 提出一种新的工作流程,将RT-PCR和长读测序结合起来,用于CPIV检测.
- 为了证明这个工作流对基因组流行病学在低资源环境中的有用性.
主要方法:
- 完整编码序列 (cCDS) 单结合逆转录酶聚合酶连锁反应 (RT-PCR) 与低成本的长读高通量测序的合.
- 来自美国亚利桑那州的废水样本的分析.
- 生物信息处理用于识别和组装病毒基因组.
主要成果:
- 成功检测和测序了狗皮科纳病毒的四个完整编码序列 (cCDS).
- 开发的工作流程能够有效地恢复大型病毒基因组片段 (约. 7.5千兆英里) 的数据.
- 证明了将这种方法应用于基于废水的监测的可行性.
结论:
- 描述的工作流是有效的检测和特征CPiV在废水.
- 这种方法显著提高了基于废水的兽医病毒基因组流行病学的潜力.
- 该方法为研究病毒演变和传播提供了有价值的工具,特别是在资源有限的地区.
