在Falciphora oryzae中保存动机的效应体候选物的全基因组识别和特征

科学领域:

• 植物与微生物的相互作用
• 菌类基因组学 菌类基因组学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 微生物效应物是主机免疫逃避和殖民化的关键.
• 在真菌效应体中保存的动图得到了很好的研究,但对内植物知之甚少.
• Falciphora oryzae 是一种具有未表征的效应蛋白质的米内植物.

研究的目的:

• 在大米内生植物Falciphora oryzae中发现具有保留动图的效应基因.
• 在真菌效应者中识别新的保存模式.
• 研究这些效应因子在宿主相互作用中的功能作用.

主要方法:

• 使用SignalP和EffectorP进行生物信息分析,用于分泌蛋白质和效应器预测.
• 隐藏的马尔科夫模型 (HMM) 功能用于识别保存的图案.
• 在烟草中进行过渡表达测试,以评估效应因子功能 (细胞死亡激活/抑制).
• 在宿主感染期间进行基因表达分析.

主要成果:

• 确定了622种分泌的蛋白质,其中227种被预测为效应体候选物.
• 发现了169个具有保存图案的效应器候选者,其中包括三个新型图案.
• 在各个物种中发现了保留的域 (LysM,CFEM,DPBB_1,Cutinase,Chitin_bind).
• 在烟草测定中观察到细胞死亡的效应因子介导调节.
• 在宿主感染阶段检测到基因表达的增加.

结论:

• 这项研究成功地识别和表征了在Falciphora oryzae.e.中保存的动图的效应基因.
• 这些发现为使用生物信息学工具进行功能性奥米克学研究提供了基础.
• 这些结果有助于理解大米与其内生植物之间的共生机制.