在Nellore牛群中,拷贝数变化与养行为,料效率和生长特征之间的全基因组关联研究
Lorena F Benfica1,2, Luiz F Brito3, Ricardo D do Bem4
1Department of Animal Sciences, Purdue University, 270 S. Russell Street, West Lafayette, IN, 47907, USA. lorenafbenfica@gmail.com.
在Nellore牛群中发现了副本数变异 (CNV),其中几个与干物质摄入量和养频率有显著的关联. 这些发现突出了CNVs在牛料效率和生长特征中的作用.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 动物科学动物科学
- 量化遗传学 量化遗传学
背景情况:
- 料成本是牛肉生产利能力和环境影响的一个主要因素.
- 基因组选择是提高牛的料效率的关键策略.
- 副本数变异 (CNV) 是遗传变异的来源,可以影响复杂的特征.
研究的目的:
- 在Nellore牛中确定副本数变异 (CNV) 和CNV区域 (CNVR).
- 评估CNVR和料效率特征之间的关联 (例如,干物摄入量,养行为).
- 对相关的CNVR进行功能丰富分析,以确定候选基因.
主要方法:
- 在Nellore牛中全基因组识别CNV和CNVR.
- 统计协会分析CNVR和特征之间的统计协会分析,包括断奶体重,体重,平均每日增加,干物摄入量,剩余料摄入量,料床上的时间和养频率.
- 功能注释和基因本体学 (GO) 丰富分析显著的CNVRs.
主要成果:
- 确定了3,161个CNV和561个CNVR,覆盖了Nellore自身基因组的3.99%.
- 在17个CNVR和干物摄入量 (DMI) 和养频率 (FF) 之间发现了显著的关联.
- 功能注释揭示了与新陈代谢相关的候选基因,GO分析确定了与FF相关的19个丰富过程.
结论:
- 在Nellore牛中鉴定了3,161个CNV和561个CNVR.
- 证明了CNVR和DMI和FF之间的显著关联,强调了CNV在料效率方面的重要性.
- 表明CNVs影响内罗尔牛的生物通路和养行为和生长特征的表型表达.
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