nf-core/nanostring:一个可重复的NanoString nCounter分析的管道
Alexander Peltzer1, Christopher Mohr1, Kai B Stadermann1
1Clinical Bioinformatics and Systems Pharmacology, Translational Medicine and Clinical Pharmacology, Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG, 88400 Biberach/Riss, Germany.
Bioinformatics (Oxford, England)
|January 12, 2024
概括
一个新的开源管道,nf-core/nanostring,为NanoString nCounter平台提供可复制的基因表达分析. 这种可扩展的工作流确保了数据质量和可移植性,跨多种计算基础设施.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 该NanoString nCounter平台是针对性基因表达分析的流行的工具,能够对多达800个基因进行分析.
- 现有的制造商软件缺乏便携式,用户友好的工作流程,可以在不同的计算环境中同时对多个样本进行可重复的分析.
研究的目的:
- 开发和介绍nf-core/nanostring,这是一个开源管道,用于对NanoString nCounter数据进行全面和可重复的分析.
- 为在多种不同的研究环境中提供可扩展,便携和用户友好的基因表达分析解决方案.
主要方法:
- 使用 Nextflow 工作流程语言实现 nf-core/nanostring 管道.
- 集成容器技术 (Docker,Singularity,Podman) 和Conda环境,以实现广泛的兼容性.
- 开发包括质量控制,表达可视化,元数据注释和差异基因表达分析输入生成在内的功能.
主要成果:
- nf-core/nanostring管道提供了易于安装,全面的文档和开源代码以实现可扩展性.
- 工作流确保在各种计算环境中实现高可移植性,包括谷歌GCP和亚马逊AWS等云平台.
- 分析管道的所有阶段都提供了详细的质量指标报告.
结论:
- nf-core/nanostring为NanoString nCounter基因表达数据分析提供了一个强大的,可复制和可扩展的解决方案.
- 该管道提高了研究人员的可访问性和可用性,促进了下游分析和数据解释.
