鼠DEGdb:作为生物医学研究中的模型对象,鼠类差异表达基因的知识库
I V Chadaeva1, S V Filonov2, K A Zolotareva1
1Institute of Cytology and Genetics of the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia.
Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii
|January 12, 2024
概括
RatDEGdb是一个新型数据库,可以在老鼠模型中手动选差异表达基因 (DEGs),将其与人类疾病联系起来. 此资源有助于研究人员了解与人类病理相关的基因表达变化.
科学领域:
- 生物医学研究的研究.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 动物模型对于研究人类疾病至关重要.
- 鼠标模型被广泛用于模拟各种人类疾病.
- 在老鼠模型中的基因表达数据需要系统的策划和与人类条件的联系.
研究的目的:
- 在大鼠模型中创建差异表达基因 (DEGs) 的综合知识库.
- 通过独立的临床数据对人类疾病中同源基因表达的DEG进行手动策划和注释.
- 为研究基因表达和人类病理学的研究人员提供公开可访问的资源.
主要方法:
- 系统地收集公布的基因表达数据,用于模拟人类疾病的老鼠菌株.
- 来自45篇科学论文的差异表达基因 (DEGs) 的手动策划.
- 用959篇PubMed论文的临床数据对人类疾病中具有同源基因表达变化的大鼠DEG进行注释.
主要成果:
- RatDEGdb v1.0包含来自14,320个独特的老鼠基因中的25101个DEG,分布在21个组织和10个遗传老鼠菌株中.
- 该数据库包括 94,873 条注释,将 321 个人类基因与 836 种疾病联系起来,基于同源基因表达变化.
- 数据涵盖了对动脉高血压,年龄相关疾病和精神病理状况的老鼠模型.
结论:
- RatDEGdb提供了一个独特的,手工策划的资源,用于探索与人类疾病相关的老鼠模型中的基因表达.
- 该数据库有助于跨物种基因表达分析,有助于了解疾病机制.
- 在个性化基因组学和药物发现方面,RatDEGdb是遗传学家,分子生物学家,临床医生和生物信息学家的宝贵工具.
