在废水中慢性泄露SARS-CoV-2阿尔法变异
Michael J Conway1,2, Hannah Yang3, Lauren A Revord3
1Foundational Sciences, Central Michigan University, College of Medicine, Mt. Pleasant, MI, USA. michael.conway@cmich.edu.
BMC genomics
|January 13, 2024
概括
废水监测检测到一个农村地区持续存在的SARS-CoV-2 Alpha变种. 随着时间的推移,这种变异积累了适应性突变,表明潜在的慢性感染和病毒进化.
科学领域:
- 环境病毒学环境病毒学
- 基因组流行病学 基因组流行病学
- 公共卫生监督 公共卫生监督
背景情况:
- 自2021年以来,中央密歇根大学 (CMU) 参与了全州范围内的SARS-CoV-2废水监测.
- 从大学和9个污水处理厂收集样本,服务于农村和小型大都市地区.
- 使用滴滴数字PCR量化SARS-CoV-2基因组副本,并向卫生当局报告.
研究的目的:
- 调查SARS-CoV-2在不同社区环境中的流行和演变.
- 评估废水监测在识别病毒变异及其基因组变化的有用性.
- 探索在社区环境中持续传播病毒的潜在驱动因素.
主要方法:
- 从校园内和校外的污水处理厂收集废水样本.
- 通过滴滴数字PCR对SARS-CoV-2基因组副本的量化.
- 来自高度农村地区的病毒RNA的测序,用于变种识别和突变分析.
主要成果:
- 一个农村,校外的废水场所始终显示SARS-CoV-2度升高.
- 测序揭示了SARS-CoV-2阿尔法变异血统 (B.1.1.7衍生物) 从2021年秋季到2023年夏季.
- 突变分析表明与原始阿尔法血统的分歧,尖端蛋白区域 (RBD和NTD) 的显著变化.
结论:
- 观察到的突变可能表明由慢性SARS-CoV-2感染驱动的适应性进化.
- 由于减少了序列污染,小型废水处理厂提供了更高的分辨率来检测罕见的病毒事件和重建基因组.
- 污水监测是跟踪病毒演变和公共卫生的一个有价值的工具.
关键词:
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