BioisoIdentifier:一个免费的在线工具,用于调查PDB的局部结构替代

科学领域:

• 药用化学 医学化学
• 计算机化药物发现技术
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 生物异构剂在药物化学中至关重要,可以优化药物特性,如效力,选择性和ADMET配置文件.
• 识别新的生物异构替代品是药物发现,专利导航和知识产权生成的关键.

研究的目的:

• 介绍一下BioisoIdentifier (BII),一个设计用于计算识别特定分子碎片的生物异构体替代物的Web服务器.
• 为研究人员提供一个用户友好的平台,在蛋白质活性位点内探索潜在的生物异构体替代物.

主要方法:

• 使用蛋白质数据库 (PDB) 作为数据源来识别潜在的生物异构体碎片.
• 开发一个接受用户定义子结构的Web服务器 (BII),以便在本地蛋白活性位点内寻找合适的替代品.
• 应用结构相似性和无监督机器学习等级分组来对已识别的生物异构替代物进行集群.

主要成果:

• BII成功地确定了许多生物异构体替代的想法,并使用甲基醇作为模型片段进行了验证.
• 服务器提供分层分组和聚类的输出,方便更容易选择排名最高的分子.
• 计算方法优化了PDB的采矿生物异构替代品,比现有平台提供了更大的搜索空间.

结论:

• 生物同位素识别器 (BII) 是药物化学家的一种有价值的,免费可访问的计算工具,有助于配体设计和新药候选物的发现.
• 该平台通过优化计算过程和机器学习集群提供一套扩展的有效本地结构替代方案来增强药物发现.
• BII通过促进选择适当的生物异构体替代品,从而加速实验探索,为科学进步做出贡献.