使用原始细胞溶解酸构建的酶甲基-seq库的质量评估
Yuki Tanaka1, Risa Mizuguchi2, Norio Koseki2
1Laboratory for Cellular Function Conversion Technology, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences (IMS), RIKEN Yokohama Campus, 1-7-22 Suehiro-cho, Tsurumi-ku, Yokohama City, Kanagawa, 230-0045, Japan.
Biochemical and biophysical research communications
|January 14, 2024
概括
原始DNA可以直接用于酶性甲基序列 (EM-seq) 库的构建,在有限的样本中最大限度地减少DNA损失. 虽然映射效率略有降低,但使用原始DNA的EM-seq提供了可靠的全基因组DNA甲基化数据.
科学领域:
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 酶性甲基-seq (EM-seq) 提供可靠的全基因组DNA甲基化分析,避免二硫酸盐诱导的DNA损伤.
- 在EM-seq中的DNA净化步骤可能导致显著的样本损失,阻碍了有限数量的DNA分析.
- 原始DNA提取是一种快速,低损失的方法,但其适用于直接EM-seq库建设的适用性尚未确立.
研究的目的:
- 评估直接从原始DNA构建的EM-seq库的可行性和质量.
- 为了比较EM-seq使用原始DNA与纯化DNA进行甲基组分析的性能.
- 为了确定原始DNA是否是EM-seq的可行替代品,特别是有限的样本输入.
主要方法:
- 使用原始和纯化的基因组DNA进行了EM-seq库的准备.
- 评估了图书馆的碎片大小和集中度.
- 进行了测序,并对数据进行了分析,以测绘效率,细胞因子转化率和甲基化概况.
- 在原始DNA (低输入和高输入) 和纯化DNA样本之间进行了比较.
主要成果:
- 来自原始DNA的EM-seq库表现出适合的碎片大小和度,与纯化DNA库相美.
- 与净化样本相比,在原始DNA样本中观察到较低的参考序列映射效率.
- 低输入原始DNA样本显示C-to-T转换效率略有降低,并且在基因调节元件附近呈现高甲基化模式.
- 尽管存在微小的差异,但原始和纯化DNA的甲基化概况显示出显著的相关性.
结论:
- 原始DNA是构建EM-seq库的合适原料,提供了低损失的替代方案.
- 在EM-seq中直接使用原始DNA是可行的,特别有利于DNA可用性有限的样品.
- 可能需要进一步优化,以充分解决低输入原始DNA样本的映射效率和甲基化模式.
