甲基因固定组织的高分辨率基因定型准确估计了人类疾病中的多基因风险得分
Omar Youssef1, Anu Loukola2, Yossra H S Zidi-Mouaffak3
1Department of Pathology, University of Helsinki, Helsinki, Finland; Clinical and Chemical Pathology Department, National Cancer Institute, Cairo University, Cairo, Egypt; Research Program in Systems Oncology, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Helsinki, Finland.
甲固定嵌正常组织 (FFPE-NT) DNA可以准确地进行基因型鉴定,从而能够对存档样本进行基因组分析. 这验证了FFPE-NT DNA用于识别易患疾病的变体和计算多基因风险得分,可与血液DNA进行比较.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 这是生物银行.
背景情况:
- 在生物库中,固定在甲中的嵌入式 (FFPE) 组织丰富,但在分子研究中未得到充分利用.
- FFPE样本保留的遗传信息相当于血液,但DNA质量问题限制了它们的使用.
- 生殖线变异和多基因风险评分 (PRS) 对于疾病风险评估至关重要.
研究的目的:
- 为了证明FFPE正常组织 (FFPE-NT) 基因组分析的基因型DNA的可行性和准确性.
- 在全基因组阵列上建立和验证FFPE-NT DNA基因型定型的协议.
- 评估FFPE-NT DNA在识别疾病易感变异和计算PRS.的有用性.
主要方法:
- 在全基因组阵列 (657,675个变体) 上优化了FFPE-NT DNA性能.
- 进行了测试和验证阶段,以建立基因定型协议.
- 将FFPE-NT基因型化结果与匹配的血液样本进行比较,以确定呼叫率和一致性.
- 对多种疾病和风险变量计算的FFPE-NT遗传型数据和计算的全基因组PRS.
主要成果:
- 与血液相比,FFPE-NT基因型鉴定实现了高中位呼叫率 (99.85%) 和一致性 (99.79%).
- 在FFPE-NT样本中成功识别出一种罕见的致病性PALB2变异,使其易患癌症.
- 在3种疾病和4种风险变量中,FFPE-NT和血源PRS之间显示出高一致性 (皮尔森r>0.95).
结论:
- 在全基因组数组上对FFPE-NT DNA进行基因型定型是准确和可靠的,克服了以前的质量问题.
- 档案的FFPE-NT样本是翻译基因组学的宝贵资源,使大规模的PRS研究成为可能.
- 这种方法有助于将FFPE样本中的基因组数据与临床表型和纵向健康记录联系起来.
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