IDSL.GOA:用于解释代谢数据集的基因本体学分析
Priyanka Mahajan1, Oliver Fiehn2, Dinesh Barupal3
1Integrated Data Science Laboratory for Metabolomics and Exposomics, Department of Environmental Medicine and Public Health, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, 10954, USA.
Scientific reports
|January 14, 2024
概括
对代谢组的生物途径分析受到数据库变异的限制. 我们介绍了IDSL.GOA,这是一个工具,可以对代谢物进行基因本体学 (GO) 分析,增强了超越传统路径图的生物解释.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 代谢数据的解释通常依赖于途径分析,但数据库不一致会导致错过的生物学见解.
- 基因本体学 (GO) 分析是基因,转录和蛋白质数据的标准,但缺乏代谢学.
研究的目的:
- 开发一个新的知识库和在线工具,IDSL.GOA,用于在代谢物清单上进行GO过度代表性分析.
- 提供一种标准化和全面的方法来解释使用GO术语的代谢数据集.
主要方法:
- 创建一个全面的知识库 (KB),整合代谢GO术语,基因,EC注释和代谢物.
- 开发IDSL.GOA在线工具,用于在用户提供的代谢物清单上执行GO过度代表性分析.
- 将IDSL.GOA工具应用于一个案例研究,分析老年女性与年轻女性大脑皮层的代谢组.
主要成果:
- IDSL.GOA KB包含2393个代谢GO术语,3144个基因,1492个EC注释和2621个代谢物.
- 对大脑皮层代谢组的分析确定了82个明显过度代表的GO术语 (FDR <0.05).
- IDSL.GOA揭示了以前在其他途径数据库中未被识别的关键代谢过程.
结论:
- 基因组分析提供了一种补充和更全面的方法,用于对代谢数据解释的传统路径映射.
- IDSL.GOA 工具可方便对代谢途径数据进行准确和彻底的分析,从而提高了对生物学的理解.
- IDSL.GOA通过利用标准化的GO术语分析来增强代谢数据集的生物解释.
