基于综合生物信息学分析,SSR1和CKAP4作为椎间盘退化的潜在生物标志物
Danqing Guo1,2, Min Zeng3, Miao Yu4
1Institute of Orthopaedics and Traumatology, The 8th Clinical Medical College of Guangzhou University of Chinese Medicine Foshan Guangdong China.
JOR spine
|January 15, 2024
概括
椎间盘退化 (IDD) 是背部疼痛的一个常见原因. 这项研究确定了CKAP4和SSR1作为IDD的潜在生物标志物,通过生物信息学和体外实验验证,提供了新的诊断可能性.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 分子生物学分子生物学
- 生物标志物发现发现
背景情况:
- 椎间盘退化 (IDD) 是腰部疼痛的主要原因之一,遗传因素起着重要作用.
- 了解IDD背后的分子机制对于开发有效的诊断和治疗策略至关重要.
研究的目的:
- 通过多方生物信息学和实验方法,识别和验证椎间盘退化 (IDD) 的新生物标志物.
- 调查已识别的基因在IDD细胞和分子病理学中的作用.
主要方法:
- 在基因表达数据集 (GSE23130,GSE15227) 上,利用了权重基因协同表达网络分析 (WGCNA),MCODE,LASSO和ROC曲线分析.
- 进行了免疫透分析和单细胞测序 (GSE199866) 以表征关键基因.
- 在实验室中使用实时聚合酶链反应 (RT-PCR) 和免疫组织化学 (IHC) 验证的候选生物标志物 (CKAP4,SSR1) 在人体盘组织上.
主要成果:
- 在IDD中确定了1015个差异表达基因 (DEGs);WGCNA突出显示了一个重要的"蓝模块".
- 确定了五个关键基因,其中CKAP4和SSR1显示出IDD的显著诊断价值,在数据集中得到验证.
- 在退化的磁盘中,CKAP4和SSR1被上调,在纤维软骨中高度表达,与单细胞透相关.
结论:
- 在退化的椎间盘中,CKAP4和SSR1显著上调,并显示出 IDD 诊断生物标志物的潜力.
- 这些发现为进一步研究CKAP4和SSR1在IDD病原和临床应用中的作用提供了基础.
