免疫相关的基因和免疫细胞透描述了动脉静脉的成熟状态:基于转录组测序的综合生物信息学研究和实验验证
Peng Lu1,2, Tun Wang1,2, Zicheng Wan1,2
1Department of Vascular Surgery, the Second Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, People's Republic of China.
Journal of inflammation research
|January 15, 2024
概括
这项研究确定了关键的免疫基因和免疫细胞类型,这些基因和免疫细胞类型可以预测动脉静脉 (AVF) 为血液透析的成熟. 这些发现为改善AVF成功率提供了新的生物标志物.
科学领域:
- 生物医学研究生物医学研究
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
背景情况:
- 动脉静脉 (AVF) 对于血液透析至关重要,但其成熟率较低.
- 免疫细胞在AVF成熟中的作用尚不清楚,这凸显了生物信息学研究中的差距.
研究的目的:
- 研究免疫相关基因在AVF成熟中的预测价值.
- 用生物信息学分析与AVF成熟相关的免疫细胞透模式.
主要方法:
- 分析了高通量测序数据,以确定差异表达基因 (DEG).
- 基因本体学 (GO),KEGG和基因组丰富分析 (GSEA) 在与免疫相关的基因和途径上进行.
- 蛋白与蛋白相互作用 (PPI) 网络分析确定了枢纽基因 (IL1B,IL6,CXCR4).
- 使用CIBERSORTx量化免疫细胞透,通过qPCR和免疫组织化学 (IHC) 进行验证.
主要成果:
- 与免疫相关的基因和途径在成熟的AVF中显著丰富.
- 三个枢纽基因 (IL1B,IL6,CXCR4) 被确定并验证.
- 在原生静脉,失败的AVF和成熟的AVF中观察到明显的免疫细胞透模式.
- CD4+ T 细胞,树突细胞,巨细胞和 M2 巨细胞的积累与AVF 成熟相关.
结论:
- 这项研究提供了第一个由生物信息学驱动的免疫相关基因和预测AVF成熟的免疫细胞特征的生物信息学识别.
- 这些已识别的特征显示出预测AVF成熟结果的可靠指标的潜力,有助于临床实践.
