预测性 Minisci 后期阶段功能化与转移学习
Emma King-Smith1, Felix A Faber1, Usa Reilly2
1Cavendish Laboratory, University of Cambridge, Cambridge, UK.
Nature communications
|January 15, 2024
概括
在药物发现过程中预测化学反应是一项挑战. 本研究引入了一种机器学习模型,使用13C NMR数据准确预测晚期功能化反应中的功能化位点,改进化学空间探索.
科学领域:
- 药用化学 医学化学
- 计算化学计算化学
- 有机化学 有机化学
背景情况:
- 分子的结构多样化对于药物发现至关重要.
- 晚期功能化 (LSF) 能够从复杂的中间体中创建多种分子产品.
- 预测LSF中的区域选择性仍然是一个重大挑战,限制了药物发现管道的效率.
研究的目的:
- 在后期功能化反应中开发区域选择性的预测模型.
- 为了克服后期功能化产品表征中的数据限制,用于机器学习方法.
- 通过准确的反应性预测,增强药物发现中化学空间的探索.
主要方法:
- 开发一种混合方法,将传递信息的神经网络和基于13C NMR的转移学习结合起来.
- 应用模型来预测基于Minisci和P450的反应的原子智能的功能化概率.
- 通过追溯分析和前性实验研究验证模型.
主要成果:
- 开发的模型准确地预测了Minisci型和P450型转换的区域选择性.
- 该方法与传统的基于福井的反应率指数和其他机器学习算法相比,表现优越.
- 成功预测功能化结果经过实验验证,证实了模型的可靠性.
结论:
- 信息传递神经网络和13C NMR转移学习的整合为预测LSF区域选择性提供了一个强大的解决方案.
- 这种方法显著提升了探索化学空间和加速药物发现的能力.
- 开发的方法为指导药物化学中的合成策略提供了一个强大的工具.
相关概念视频
Improving Translational Accuracy
Base complementarity between the three base pairs of mRNA codon and the tRNA anticodon is not a failsafe mechanism. Inaccuracies can range from a single mismatch to no correct base pairing at all. The free energy difference between the correct and nearly correct base pairs can be as small as 3 kcal/ mol. With complementarity being the only proofreading step, the estimated error frequency would be one wrong amino acid in every 100 amino acids incorporated. However, error frequencies observed in...
Improving Translational Accuracy
Base complementarity between the three base pairs of mRNA codon and the tRNA anticodon is not a failsafe mechanism. Inaccuracies can range from a single mismatch to no correct base pairing at all. The free energy difference between the correct and nearly correct base pairs can be as small as 3 kcal/ mol. With complementarity being the only proofreading step, the estimated error frequency would be one wrong amino acid in every 100 amino acids incorporated. However, error frequencies observed in...


