使用全基因组测序来表征Clostridioides difficile在澳大利亚墨尔本的三级中心的隔离物

科学领域:

• 传染性疾病 传染性疾病
• 基因组学就是基因组学.
• 流行病学 流行病学

背景情况:

• 克洛斯特里迪奥伊德困难感染 (CDI) 是澳大利亚医疗保健相关腹的主要原因.
• 标准化监测和强制报告CDI在澳大利亚各州很常见.
• 全基因组测序 (WGS) 数据表明CDI的获取来源多样化,挑战了医院传播的历史假设.

研究的目的:

• 在澳大利亚墨尔本的一家三级医院,对Clostridioides difficile基因型进行了鉴定.
• 为了确定CDI收购的可能来源.
• 确定与CDI相关的常见风险因素.

主要方法:

• 追溯观察性研究设计.
• 从2021-2022年对75个Clostridioides difficile分离物的简读全基因组测序 (WGS),与2015-2016年的数据相比.
• 对流行病学和风险因素数据的感染控制监测和电子医疗记录的分析.

主要成果:

• 在137个病例中,62.1%的病例根据流行病学数据被归类为与医疗保健相关的病例.
• 鉴定出33种不同的多位置序列类型 (MLST) 类型的Clostridioides difficile亚型,显示出种群结构的变化.
• 94.9%的CDI病例具有可识别的风险因素,包括使用抗生素 (78.8%),抑制酸性治疗 (62.8%) 和化疗 (18.2%).

结论:

• 大多数Clostridioides difficile分离物在遗传上是不同的,这表明有多种获取来源,而不是在医院内显著的传播.
• 目前对CDI的感染控制预防措施可能需要重新评估.
• 潜在风险因素的流行可能会导致与医疗保健相关的CDI,即使没有被证明的医院传播.