CRISPRmap:无测序的光学聚合屏幕,绘制细胞和组织中的多原子表型

科学领域:

• 基因组学和分子生物学
• 细胞生物学 细胞生物学
• 生物技术是生物技术.

背景情况:

• 聚合基因选对于高通量基因功能研究至关重要.
• 传统的基于测序的屏幕受到细胞溶解的限制,阻碍了对细胞形态和相互作用等空间表型的分析.
• 光学聚合选方法提供了一个解决方案,用于调查空间表型,以应对遗传干扰.

研究的目的:

• 为了引入CRISPRmap,一种新的多原子光学聚合的CRISPR选方法.
• 能够在现场分析空间表型和基因功能,而无需细胞溶解.
• 为聚合屏幕开发一个具有成本效益和效率的条形码读取系统.

主要方法:

• CRISPRmap 结合了在位CRISPR指导识别与多重免疫光和在位RNA检测.
• 对于条码读取,使用了一种新的组合混合化方法,提高效率并降低成本.
• 在乳腺癌细胞系中的DNA损伤修复基因上进行了多原子基编辑屏幕.

主要成果:

• CRISPRmap成功地分析了大约100万个细胞,提供了全面的表型评估.
• 该方法确定了可能致病的患者衍生的突变,这些突变以前被归类为未知意义的变异.
• CRISPRmap在瘤组织中区分了条形码,并与循环免疫光学相结合,用于细胞类型和分子表型.

结论:

• CRISPRmap提供了一种强大的多原子方法,用于在现场研究空间表型和基因功能.
• 该方法推进了DNA损伤修复途径和遗传变异的功能后果的分析.
• 通过多原子空间分析,CRISPRmap有可能显著扩大对健康和疾病中的组织生物学的理解.