协议,以隔离核从克拉米多马纳斯 Reinhardtii ATAC测序

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 植物科学 植物科学

背景情况:

• 使用测序 (ATAC-seq) 测定转化酶可访问性染色质的高分辨率染色质可访问性测绘需要完整的核.
• 目前用于隔离Chlamydomonas reinhardtii中的核的方法可能耗时,并可能影响样品质量.

研究的目的:

• 提出一个优化的,无标签的协议,以有效地隔离来自Chlamydomonas reinhardtii的高质量核.
• 为了使下游的ATAC-seq分析能够在这个模型中进行染色质可访问性研究,alga.

主要方法:

• 开发了一种新的协议,用于从细胞壁和细胞壁缺陷的Chlamydomonas reinhardtii菌株中分离无标签的细胞核.
• 包括原子核隔离,定量和为ATAC-seq.准备的详细步骤.
• 优化了协议,以减少原子核隔离和量化总体时间.

主要成果:

• 成功地从各种克拉米多马斯强硬菌株中分离出适合ATAC-seq的完整核.
• 与现有方法相比,证明了开发的协议的效率和速度.
• 为可靠的下游基因组分析确保了孤立核的质量.

结论:

• 提出的协议提供了一种简化和有效的方法,用于隔离克拉米多莫纳斯 Reinhardtii的核.
• 这便于在这个重要的模型生物体中使用ATAC-seq进行高通量染色质可访问性研究.
• 能够更深入地了解绿藻中的基因调节和表观遗传机制.