从鼻抽样中丰富SARS-CoV-2序列,同时识别鼻腔微生物群

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 微生物组研究的研究.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 病毒基因组和宿主微生物组的同时表征对于了解传染病至关重要.
• 转录组学可以识别SARS-CoV-2和鼻子微生物组中的活跃转录,但往往缺乏足够的深度来进行基因组组装.
• 临床样本中的低病毒载荷对测序和血统识别构成挑战.

研究的目的:

• 评估各种丰富方法来检测SARS-CoV-2并定义鼻腔微生物组.
• 评估这些方法在识别病毒谱系和分析鼻腔微生物群的有用性.
• 为了比较不同丰富策略对冠状病毒特征的性能.

主要方法:

• 使用了牛津纳米孔长读序列.
• 采用了序列独立单个原始放大 (SISPA) 的变化.
• 评估了临床样本的丰富方法,包括具有季节性冠状病毒的样本.

主要成果:

• 优化的丰富策略改善了SARS-CoV-2的检测和血统识别.
• 这些方法可以同时对鼻子微生物群进行表征.
• 在季节性冠状病毒样本上验证了实用性,证明了广泛的适用性.

结论:

• 丰富方法与长读测序相结合,提高了对冠状病毒和鼻腔微生物组的表征能力.
• 这些方法克服了低病毒载荷样本未富化元转录组学的局限性.
• 该研究提供了关于传染病和微生物组研究的丰富策略性能的见解.