整合多omics技术用于分子诊断在性病患者的整合
Sebastien Audet1,2, Valerie Triassi1, Myriam Gelinas3
1University of Montreal Hospital Research Center (CRCHUM), Montreal, QC, Canada.
Frontiers in genetics
|January 19, 2024
概括
这项研究采用了多组学方法来诊断罕见的插曲性,在50%的患者中实现了分子诊断. 长读测序对于验证遗传变异,改善患者护理和减少诊断旅程至关重要.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 遗传学和基因组学
- 神经学 神经学
- 罕见疾病 罕见疾病
背景情况:
- 插曲性动是一种罕见的神经系统疾病,具有异质的临床表现和有限的遗传数据,构成诊断挑战.
- 标准基因检测往往无法识别致病变异,原因是检测某些变异类型或解释不确定的发现的局限性.
- 高通量测序已经推进了门德尔的疾病遗传学,但仍然没有诊断出许多复杂的病例.
研究的目的:
- 评估多奥米克方法的实用性,用于识别和验证复杂的,插曲性性性无氧症患者的分子候选物.
- 为了研究传统遗传检测后未被诊断的患者中阿塔克西亚的遗传基础.
- 为了证明整合全基因组测序,RNA测序和长读测序的有效性,用于诊断罕见的神经疾病.
主要方法:
- 全基因组测序 (WGS) 和RNA测序在八名未被诊断的患者的外周血液单核细胞上进行.
- 从WGS和RNA-seq的表达和拼接数据的整合被用来优先考虑候选基因组变异.
- 长读序列被用来验证优先级候选变体,包括复合异合体配置和微卫星扩展.
主要成果:
- 通过WGS,在四个基因 (SPG7,ATXN2,ELOVL4,PMPCB) 中发现了致病变体.
- 具体的变体包括SPG7中的复合异构菌致病变体,ATXN2微卫星扩张,以及ELOVL4和PMPCB中的拼接位变体.
- 长读测序证实了变体配置,重复扩展长度和拼接变化,其中一个潜在的修饰基因 (ZFYVE26) 已被确定为ATXN2扩展.
结论:
- 多omics策略成功地在50%的先前未被诊断的患有插曲性无氧症的患者中实现了分子诊断.
- 长读序列是验证各种类型的候选变体的宝贵工具,包括复杂的结构变异和重复扩展.
- 整合互补的OMIC技术有效地揭开未解决的罕见疾病的遗传基础,改善患者管理和生活质量.
