通过结合短读和长读测序,有效地恢复完整的肠道病毒基因组
Jingchao Chen1, Chuqing Sun1, Yanqi Dong2
1Key Laboratory of Molecular Biophysics of the Ministry of Education, Hubei Key Laboratory of Bioinformatics and Molecular Imaging, Center for Artificial Intelligence Biology, Department of Bioinformatics and Systems Biology, College of Life Science and Technology, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan, Hubei, 430074, China.
Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
|January 19, 2024
概括
研究人员开发了一种新方法来检测肠道病毒,创建了中国肠道病毒组目录 (CHGV). 该目录包含的病毒基因组和新型病毒操作分类单元 (vOTU) 比以前的数据库要完整得多.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 病毒学 病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 现有的人类肠道菌体目录通常由碎片化病毒基因组组成.
- 对肠道病毒组的全面分析对于理解其在健康和疾病中的作用至关重要.
研究的目的:
- 开发一种改进的肠道病毒组检测和组装程序.
- 建立一个全面的中国肠道病毒组目录 (CHGV).
- 描述肠道病毒组的多样性和功能能力.
主要方法:
- 来自便样本的病毒样颗粒 (VLP) 丰富.
- 结合短读和长读序列的组合.
- 病毒基因组的混合组装.
- 生物信息分析用于vOTU集群和新性评估.
主要成果:
- 组装了中国肠道病毒组目录 (CHGV),其中包含21499个非冗余的病毒操作分类单位 (vOTU).
- 实现了大约35%的完整病毒基因组,与肠道病毒基因组数据库 (GVD) 相比增加了9倍.
- 确定了32%的新型vOTU,并发现了流行和多样化的病毒类,包括新型菌体.
结论:
- 开发的程序显著提高了完整的肠道病毒基因组的检测和组装.
- CHGV为探索肠道病毒组多样性,功能和演变提供了宝贵的资源.
- 这份目录有助于未来研究病毒与宿主相互作用以及病毒组在人类健康中的作用.


