在肉瘤中基于ssGSEA的六基因特征的预后特征

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 肉瘤是一种罕见的结缔组织癌症,预后不佳.
• 下一代测序 (NGS) 为肉瘤诊断和治疗提供了机会.
• 对于预测肉瘤预后和治疗疗效的新型基因特征有着至关重要的需求.

研究的目的:

• 为了确定与肉瘤预后相关的癌症特征.
• 为肉瘤患者开发和验证预后基因签名.

主要方法:

• 利用了来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的转录组数据.
• 采用单个样本基因组丰富分析 (ssGSEA),加权基因共同表达网络分析,单变量COX回归和随机森林算法.
• 在TCGA和基因表达综合 (GEO) 数据集 (GSE17118) 中验证了预后基因签名.

主要成果:

• MYC目标V1和V2被确定为影响整体存活率 (OS) 的关键癌症特征.
• 一个由六个基因组成的签名 (VEGFA,HMGB3,FASN,RCC1,NETO2,BIRC5) 被构建.
• 基于六基因特征的较高风险得分与较差的生存状况相关 (P < 0.001) 并显示出良好的预测值 (TCGA中的AUC> 0.73,GSE17118中的AUC> 0.72).

结论:

• 这六个基因的特征作为肉瘤的独立预后因素.
• 这种基因特征代表了瘤治疗的潜在治疗标.