在公共元基因组存储库中找到Candida auris
Jorge E Mario-Vasquez1, Ujwal R Bagal2, Elijah Lowe3
1Mycotic Diseases Branch, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, United States of America.
PloS one
|January 19, 2024
概括
研究人员使用新的管道在环境样本中发现了Candida auris (一种多药耐药的真菌). 这一发现有助于了解这种危险病原体的传播.
科学领域:
- 医学真菌学 医学真菌学
- 计算生物学 计算生物学
- 环境微生物学 环境微生物学
背景情况:
- 黄是一种新兴的多抗药性真菌,导致高死亡率的侵入性感染.
- 了解Candida auris的环境储存是控制其全球传播的关键.
研究的目的:
- 在公开可用的元基因组数据集中识别Candida auris序列.
- 开发和实施一个系统,用于对Candida auris.的潜在分子监测.
主要方法:
- 开发使用SRPRISM对基因组进行序列对齐的MetaNISH管道.
- 从2010年开始,扫描了大约30万个序列读取档案 (SRA) 的元基因组运行.
- 通过GridRepublic利用志愿者计算进行大规模数据分析.
主要成果:
- 识别了五个含有Candida auris的元基因组数据集.
- 成功实施了Candida auris.的潜在分子监测系统.
结论:
- 在MetaNISH管道有效地识别Candida auris在元基因组数据.
- 开发的监测系统为环境水库中这种病原体的持续监测提供了一个框架.
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