鲁布斯黄网病毒在树基因组中的整合:一个几个世纪以来的故事

科学领域:

• 植物病毒学 植物病毒学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 黄网病毒 (RYNV) 是一种属于Badnavirus属的植物病毒.
• 恶性病毒可以存在于植物基因组内作为内源性,不活跃的序列或作为传染性插曲性形式.
• 了解RYNV在Rubus生殖质中的地位对于植物卫生和育种计划至关重要.

研究的目的:

• 研究各种Rubus品种内源RYNV (endoRYNV) 序列的存在和多样性.
• 开发基因型测定试验,以表征不同的EndRYNV血统和病例性RYNV.
• 评估endoRYNV存在于商业低生殖质中的影响.

主要方法:

• 多种拉斯伯里品种的全基因组测序.
• 对测序基因组和公共拉斯伯里基因组数据集的生物信息分析.
• 开发和应用用于内分泌RYNV和病例性RYNV基因型定型的分子测试.

主要成果:

• 在Rubus生殖质中识别了各种各样的内源RYNV序列.
• 从几乎完整的非功能性基因组到短片段的endoRYNV序列的表征.
• 证实了在商业大树中广泛存在的endoRYNVs,与有限的生殖质池有关.

结论:

• 内源的RYNV序列在商业拉斯伯里品种中普遍存在.
• 草育种中对一个狭窄的遗传基础的关注很可能放大了endoRYNVs的存在.
• 需要进一步研究Rubus体内内RYNVs的影响和管理.