干燥作为一种有效的方法来储存土壤样本用于基于DNA的微生物社区分析:一项比较研究
Emily Smenderovac1, Caroline Emilson2, Karelle Rheault2
1Canadian Forest Service, Natural Resources Canada, Ottawa, Canada. emily.smenderovac@nrcan-rncan.gc.ca.
Scientific reports
|January 19, 2024
概括
用凝包干燥土壤样本是一种具有成本效益的方法,可以在室温下保存环境DNA (eDNA),用于微生物社区分析. 这种方法与即时提取相比没有显著差异,与其他测试的防腐剂不同.
科学领域:
- 环境科学环境科学
- 微生物学 微生物学
- 分子生态学分子生态学
背景情况:
- 土壤环境DNA (eDNA) 研究对于理解微生物群落至关重要.
- 后勤挑战,特别是缺乏冷机,限制了偏远地区的eDNA采样.
- 需要使用替代的保存方法来储存室温的土壤样本.
研究的目的:
- 为了评估五种室温保存方法 (CD1溶液,95%乙醇,干燥干燥凝,RNAlater,LifeGuard) 对土壤eDNA的结 (-20°C) 的有效性.
- 评估保存方法对DNA度,质量和微生物社区结构 (细菌和真菌) 在三周内的影响.
- 确定一个合适的,可访问的保存方法,用于基于现场的eDNA采样.
主要方法:
- 用五种方法保存土壤样本 (有机和矿物) 并冷 (-20°C) 或立即提取.
- 测量了DNA度和质量.
- 用DNA元编码来分析细菌和真菌社区的组成和多样性.
- 保存效应在三个星期的时间内进行了评估.
主要成果:
- 与直接提取相比,使用干燥干燥的凝包干燥没有显示出DNA产量或社区结构的显著差异.
- RNAlater导致DNA度较低,但社区结构与结相比较.
- CD1溶液,95%乙醇和LifeGuard导致社区结构,DNA退化或改变多样性指标的重大转变.
结论:
- 凝干燥是一种可靠,具有成本效益和易于应用的方法,用于在室温下短期储存土壤样本,用于微生物eDNA分析.
- 这种方法克服了与现场冷藏相关的后勤限制.
- 其他经过测试的防腐剂 (CD1,乙醇,LifeGuard) 不建议用于保持土壤eDNA中的微生物群落完整性.
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