在2021年在英格兰进行RT-PCR基因定型测试以识别SARS-CoV-2变异:设计和回顾性评估研究
Neil Bray1, Will Sopwith1, Matt Edmunds1
1UK Health Security Agency, London, UK.
The Lancet. Microbe
|January 20, 2024
概括
基因型定型试验可在规模上提供准确及及时的SARS-CoV-2变种信息,补充全基因组测序 (WGS) 以加强公共卫生监测. 这种方法显著增加了检测能力,并加快了结果的速度,这对于有效的疾病控制至关重要.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 全基因组测序 (WGS) 是病原体变异识别的黄金标准,但面临着大规模人口评估的成本,容量和速度的限制.
- 在英格兰对SARS-CoV-2变种的回顾性监测 (2021年3月至9月) 评估了基因型测试对及时大规模变种检测的实用性.
研究的目的:
- 与WGS相比,评估RT-PCR基因型测试对SARS-CoV-2变种监测的准确性和及时性.
- 确定基因定型试验在识别循环病毒变异中的可扩展性和效率.
主要方法:
- 一个由四个RT-PCR基因型测定试验组成的小组被用于检测SARS-CoV-2变种.
- 开发了一个决策算法,根据测试结果分配可能的变异.
- 分析了来自115,934个SARS-CoV-2阳性样本的监测数据,将基因定型结果与WGS数据进行比较,以计算准确度指标 (灵敏度,特异性,PPV) 和周转时间.
主要成果:
- 基因型定型试验证明了关键变异分配的高准确性,敏感度和积极预测值 (PPV) 通常超过0.90,特异性达到1.00.
- 基因型定制提供了变异信息,比WGS快得多 (中位数为3天而不是9天).
- 基因型定型使得对变异进行测试的样本数量增加了9倍,从5000个增加到45,000个.
结论:
- RT-PCR基因型定型试验适用于高通量SARS-CoV-2变体监测,为已知变体提供更快,更可扩展的WGS替代方案.
- 基因定型补充了WGS,增强了公共卫生响应能力,特别是在WGS能力有限的环境中.
- 基因型鉴定试验的有效性依赖于WGS生成的最新变异信息,在新变异快速出现时构成挑战.
