使用RUNX3-和ZBTB46-指导的胚胎干细胞进行Illumina和MGI下一代测序平台的比较转录基因分析

科学领域:

• * 分子生物学 * 分子生物学
• * 基因组学 是一个学科.
• * 转录组学 转录组学

背景情况:

• * RUNX3或ZBTB46转录因子的宫外表达诱导了小鼠胚胎干细胞 (ESC) 衍生的祖先的表型和发育变化.
• *了解由这些转录因子调节的基因表达特征对于破译它们的作用至关重要.

研究的目的:

• * 评估和比较两种下一代测序技术用于转录基因组分析.
• * 评估DNBSEQ G400 (MGI) 和NextSeq 500 (Illumina) 平台对于基因表达分析的适用性.
• * 为了确定由RUNX3和ZBTB46.6调节的差异表达基因.

主要方法:

• *RNA测序 (RNA-seq) 在小鼠ESC上进行,小鼠ESC具有RUNX3或ZBTB46.6的异位表达.
• *基于DNA纳米球的DNBSEQ G400 (MGI) 与基于桥梁PCR的NextSeq 500 (Illumina) 的比较.
• * 在DNBSEQ G400上对两种MGI测序试剂类型 (标准与热大规模并行测序 (MPS)) 的评估.

主要成果:

• * 两种测序平台的质量,均性和基因表达特征均可比较.
• *从两个平台获得了由RUNX3和ZBTB46调节的高度重叠的基因列表.
• * DNBSEQ G400上的标准和热MPS试剂也产生了重叠的基因表达数据.
• *确定了特定的上调基因,包括RUNX3的Gzmb*,Gzmd*,Gzme*,Gdf6*和Ccr7*,ZBTB46.3的Gpx2*,Tdpoz4*和Arg2*.

结论:

• * DNBSEQ G400和NextSeq 500都适用于转录组分析和目标基因识别.
• * DNBSEQ G400为基因表达监测提供了一个具有成本效益的替代方案.
• *这项研究为探索RUNX3-和ZBTB46-依赖基因调节网络提供了有价值的数据.