对于下游单细胞RNA测序的尼帕病毒的热不活化不会干扰样品质量
Adam J Hume1,2, Judith Olejnik1,2, Mitchell R White1,2
1Department of Virology, Immunology and Microbiology, Chobanian & Avedisian School of Medicine, Boston University, Boston, MA 02118, USA.
Pathogens (Basel, Switzerland)
|January 22, 2024
概括
这项研究适应了单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 对于像尼帕病毒 (NiV) 这样的BSL-4病原体. 在cDNA合成后的热失活步骤有效地使病毒失活,而不会影响scRNA-seq数据质量.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 通过将受感染细胞与旁观细胞区分开来,为病毒与宿主相互作用提供了洞察力.
- 生物安全4级 (BSL-4) 病原体研究需要强大的病毒失活协议来准备样本.
- 现有的scRNA-seq工作流程往往缺乏足够的对BSL-4病原体的病毒失活.
研究的目的:
- 适应微流体分区scRNA-seq平台,以安全处理BSL-4病原体.
- 在scRNA-seq工作流程中确定有效的禁用尼帕病毒 (NiV) 的方法.
- 为了确保下游scrRNA-seq数据完整性,在病毒失活后.
主要方法:
- 在商业微流体scRNA-seq平台上测试化学和物理失活方法.
- 评估5分钟85°C化对NiV无活化的有效性.
- 实施额外的热失活步骤后cDNA合成增强生物安全.
主要成果:
- 在85°C的5分钟化是唯一一个标准的协议步骤,使NiV无活化.
- 在cDNA合成后的额外热步骤成功使含有NiV的样本失活.
- 在cDNA合成后的热阶段没有影响样品质量或scRNA-seq结果.
结论:
- 适应的scRNA-seq工作流确保BSL-4病原体的不活化.
- 在cDNA合成后的热处理是用于scRNA-seq.中的NiV失活的可行策略.
- 这种方法可以对BSL-4病毒感染进行安全可靠的scRNA-seq分析.
