解读瘤侵略性最前沿的免疫微环境,通过使用单细胞和空间转录基因数据构建一个调控网络
Kun Xu1,2, Dongshuo Yu2, Siwen Zhang2
1College of Food Science and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China.
Genes
|January 23, 2024
概括
这项研究揭示了驱动ER阳性乳腺癌进展的关键调控网络. 转录因子FOXA1和EZH2,以及它们的标,与预后不佳有关,提供潜在的治疗标.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 瘤微环境 (TME) 的异质性影响癌症的进展和治疗反应.
- 了解侵入性前线的细胞-细胞调节关系对于破译TME复杂性至关重要.
研究的目的:
- 用单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST) 数据推断入侵前线的恶性细胞.
- 开发一个计算管道,用于构建细胞间基因调节网络 (IGRNs),以增强细胞通信分析.
- 确定参与ER阳性乳腺癌瘤进展的关键调节分子.
主要方法:
- 对ER阳性乳腺癌患者的scRNA-seq和ST数据的分析.
- 开发一个软件管道 (cIGRN) 用于自动化IGRN建设.
- 通过IGRN分析识别转录因子和下游目标基因.
主要成果:
- 高表达FOXA1和EZH2驱动ER阳性乳腺癌的瘤进展.
- 上调ESR1和CDKN1A与患者预后不佳有关.
- 确定了侵入性恶性细胞和免疫细胞之间的双向信号传递.
结论:
- 建立了一个新的生物信息工作流程,将scRNA-seq和ST数据结合起来.
- 通过分析细胞-细胞信号传递,cIGRN管道有助于破译癌症进展.
- 已识别的信号分子可以作为乳腺癌的生物标志物或治疗点.
