体完整性-qPCR用于检测废水中的病毒体完整性

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 病毒学 病毒学
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 使用RT-qPCR量化废水中的病毒提供了基因组数据,但不提供囊体完整性或感染风险.
• 评估污水中的病毒完整性对于公共卫生监测至关重要,因为排放的废水中存在潜在的危险.
• 细胞培养完整性测试是有效的,但需要专门的实验室和专业知识,限制了它们的广泛使用.

研究的目的:

• 为了评估氧化 (PMAxx) 染料在体完整性-RT-qPCR (ci-RT-qPCR) 试验中的效率,以区分活体和非活化病毒.
• 将基于PMAxx的ci-RT-qPCR方法应用于各种废水样本,以评估常见的人类病毒的完整性.
• 在废水中确定特定病毒的存在和完整性,包括腺病毒,肠病毒,甲型肝炎病毒,流感病毒,诺病毒和SARS-CoV-2.

主要方法:

• 在50μM和100μM度的PMAxx染料中测试活体和热失活的模型病毒 (腺病毒,甲型肝炎病毒,甲型流感病毒,GI型诺病毒) 在缓冲剂中.
• 优化PMAxx度 (100μM) 以有效区分活病毒和非活化的病毒.
• 将基于PMAxx的优化ci-RT-qPCR测定方法应用于19个废水样本,以检测封装病毒.

主要成果:

• 在100μM的PMAxx度中,在所有测试目标的缓冲中,热性失活病毒与热性失活病毒成功分化.
• 废水样本对肠道病毒,GI诺病毒,GII诺病毒和SARS-CoV-2呈阳性,但对腺病毒,甲型肝炎病毒,A型流感病毒和B型流感病毒呈阴性.
• 治疗PMAxx显示出对肠道病毒,肠道病毒和肠道病毒的显著囊完整性,表明高水平的传染性病毒. 通过RT-qPCR检测到SARS-CoV-2,但在PMAxx治疗后没有检测到,表明没有封装病毒.

结论:

• PMAxx染料是评估废水样本中病毒囊体完整性的有效工具.
• 使用PMAxx的ci-RT-qPCR方法为污水中的病毒的潜在传染性提供了宝贵的见解.
• 这种技术通过在各种病毒类型中区分总病毒载量和潜在的传染性病毒颗粒来增强基于废水的监测.