在基因组拓和代表性基因组选择方面,人类肠道病毒中的结构和功能差异
Werner P Veldsman1, Chao Yang1, Zhenmiao Zhang1
1Department of Computer Science, Hong Kong Baptist University, Kowloon, Hong Kong SAR, China.
人体肠道病毒体中的圆形和线性病毒基因组在质量和功能上显示出显著的差异. 对基因组拓和脱复制的标准化报告对于准确的病毒转基因组的生物学解释至关重要.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 转基因组学是指转基因组学.
背景情况:
- 病毒基因组拓 (圆形与线性) 影响病毒功能和保护.
- 病毒的分类,特别是尾巴菌体 (Caudoviricetes类),正在转向分子和生态标准.
- 了解人类肠道病毒组需要对病毒基因组属性的准确评估.
研究的目的:
- 在人类肠道病毒组分析中评估基因组拓学的认识价值.
- 确定基因组拓和病毒选择对生物解释的影响.
- 建立关于报告病毒基因组数据的最佳实践准则.
主要方法:
- 利用牛津纳米孔长读和Illumina短读抛光用于病毒基因组组装.
- 进行了七项实验,以测量基因组质量,GC倾斜,基因频率和结构变异.
- 进行了交叉引用功能注释和菌体与宿主相互作用分析.
主要成果:
- 循环和线性病毒基因组在基因组质量,功能注释和菌体与宿主相互作用方面表现出显著的差异.
- 病毒指标的差异随着脱复制而改变.
- 在不考虑基因组拓和脱复制值的情况下,比例丰度比较是不可靠的.
结论:
- 基因组拓是影响人类肠道病毒组数据解释的关键因素.
- 建议对循环和线性基因组比率以及脱复制值进行标准化报告.
- 精确的元基因组分析需要考虑基因组拓和生物相关见解的脱复制.
更多相关视频
11:12Protocols for Investigating the Host-tissue Distribution, Transmission-mode, and Effect on the Host Fitness of a Densovirus in the Cotton Bollworm
Published on: April 12, 2017
11:23Purifying the Impure: Sequencing Metagenomes and Metatranscriptomes from Complex Animal-associated Samples
Published on: December 22, 2014
相关概念视频
Comparing Mitochondrial, Chloroplast, and Prokaryotic Genomes
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Gene Evolution - Fast or Slow?
In contrast, regions which code...
Genomic DNA in Eukaryotes
Genomic DNA in Prokaryotes
Genomic Diversity in Bacteria
Although bacterial genomes are much...
Viral Structure
