对PRRS疫苗菌株的基因组稳定性评估,使用新的ARTIC式测序协议

科学领域:

• 兽医病毒学 兽医病毒学
• 基因组测序是指基因组的测序.
• 疫苗开发 疫苗开发

背景情况:

• 猪生殖和呼吸系统综合征病毒 (PRRSV) 改性活病毒 (MLV) 疫苗需要严格的基因组稳定性评估.
• 现有的方法可能无法完全捕捉疫苗菌株的基因组景观.

研究的目的:

• 开发和验证一个式片测序协议,用于评估Porcilis MLV疫苗的基因组序列稳定性.
• 评估Porcilis MLV疫苗不同批次的基因组一致性.

主要方法:

• 一个使用两个池中的34对原料对的ARTIC样式协议被设计为放大PRRSV基因组片段 (532588 bp).
• 使用IlluminaDNA测序器与600循环套件进行了安普利康的测序.
• 原始池度被优化为平衡的测序深度.
• 分析了三批疫苗的深度测序数据.

主要成果:

• 这三批疫苗都表现出很高的相似性,单核酸变异 (SNV) 影响基因组的不到1%.
• 每个菌株发现了113122个SNV部位,少数变异范围为1%至48.7%.
• 长度多态,包括删除突变135222bp比全基因组短,被检测到.

结论:

• 开发的ARTIC样式协议对评估PRRSV MLV菌株的基因组稳定性是有效的.
• 波西里斯MLV疫苗在各批次中显示出高基因组一致性,具有较小的SNV和长度变化.
• 该协议有助于确保疫苗的质量和安全.