通过外显子水平表达,发现了针对儿科固体和脑瘤的免疫疗法标

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 免疫治疗是一种免疫疗法.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 针对儿科固体和脑瘤的CAR T细胞免疫疗法因可向抗原的稀缺性而面临限制.
• 癌症特异性外基子 (CSEs) 代表了高度特异性的瘤点的大部分未被探索的来源.

研究的目的:

• 系统地识别和验证CSEs作为多种瘤类型的儿科癌症免疫治疗的潜在标.
• 开发和测试针对新型CSE目标的CAR T细胞.

主要方法:

• 分析了来自16种儿科瘤类型的1532个RNA-seq数据集,与正常组织进行比较.
• 在表面体/母体体基因中生物信息识别癌症特异性外型和替代拼接 (AS) 异型.
• 在患者衍生异种移植 (PDX) 模型中验证选定目标 (FN1 EDB, COL11A1).
• 对验证的目标进行CAR T细胞的生成和测试.

主要成果:

• 在157个具有高特异性基因 (148) 或AS异型 (9) 层面的基因中鉴定了2,933个癌症特异性外显子.
• 在儿科PDX瘤中验证EDB和COL11A1表达.
• 在临床前模型中证明了 COL11A1 特定的 CAR T 细胞具有强大的抗瘤活性.

结论:

• CSEs为开发针对儿科固体和脑瘤的新型免疫疗法提供了丰富的资源.
• COL11A1是一个经过验证的标,证明了CAR T细胞治疗的有效性.
• 一个交互式网页门户 (https://cseminer.stjude.org/) 可访问已确定的CSE目标以进行进一步的研究和开发.