长读RNA测序识别了特定区域和性别的C57BL/6J小鼠大脑mRNA异型表达和使用
Emma F Jones1, Timothy C Howton1, Victoria L Flanary1
1Department of Cell, Developmental and Integrative Biology, Heersink School of Medicine, The University of Alabama at Birmingham, Birmingham, Alabama, United States of America.
bioRxiv : the preprint server for biology
|January 23, 2024
概括
替代拼接 (AS) 在老鼠大脑区域和性别之间有所不同. 长读测序揭示了显著的差异,特别是在小脑和皮质,为神经系统疾病提供了洞察力.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 替代拼接 (AS) 推动了跨物种,性别,组织和细胞类型的生物多样性.
- AS的失调与许多疾病有关,因此准确的AS测量对于理解分子表型至关重要.
- 与短读方法相比,长读RNA测序 (lrRNA-Seq) 提供了优越的异构体量化,使得高通量分析成为可能.
研究的目的:
- 为了研究小鼠大脑内的替代拼接的性别和区域特异性差异.
- 为了利用长读测序进行差异基因,转录和转录使用的全面分析.
- 为研究界提供一个有价值的数据资源和分析工具.
主要方法:
- 生成和分析了牛津纳米孔技术 (ONT) 从C57BL/6J小鼠大脑区域 (小脑,皮质,海马,条纹体) 的长读RNA测序 (lrRNA-Seq) 数据,按性别分层.
- 计算了差异基因表达 (DGE),差异转录表达 (DTE) 和差异转录使用 (DTU) 来自超过8500万次质量控制的阅读.
- 开发了一个闪亮的网络应用程序,用于研究人员的交互式数据探索.
主要成果:
- 在大脑区域观察到显著的DGE,DTE和DTU,小脑表现出最多的变化.
- 确定了特定区域的拼接性别差异,最显著的是皮质内的差异性转录使用 (DTU);海马体没有显示性别之间的DTU差异.
- 两种不同的性别偏见DTU模式被描述为:性别分离型和性别特异型.
结论:
- 替代拼接在性别和区域之间的大脑异质性中发挥着重要作用.
- 长读序列是剖析大脑中复杂的AS模式的强大工具.
- 在AS中发现的性别差异可能有助于理解神经和精神疾病中的性别差异.
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