提高基于面板的瘤突变负担评估质量:对现实世界和in-silico结果的全面研究
Yuanfeng Zhang1,2,3, Duo Wang1,2,3, Zihong Zhao1,3,4
1National Center for Clinical Laboratories, Institute of Geriatric Medicine, Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing Hospital/National Center of Gerontology, Beijing, PR China.
NPJ precision oncology
|January 23, 2024
概括
标准化瘤突变负担 (TMB) 测定对免疫治疗至关重要. 本研究确定了关键的技术因素,并提供了建议,以提高基于面板的TMB测试的准确性和一致性.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 针对性的基于面板的瘤突变负担 (TMB) 分析对于指导癌症免疫治疗至关重要.
- 面板大小和突变检测等技术方面的变化会影响测试的准确性和一致性.
- 缺乏系统的评估和最佳实践建议阻碍了可靠的TMB评估.
研究的目的:
- 系统地评估技术因素对基于面板的TMB测定的影响.
- 为提高TMB测试的准确性和一致性提出建议.
- 为了解决跨实验室TMB测定方法的变化.
主要方法:
- 使用细胞系样本对50个基于面板的TMB测定进行性能评估.
- 用TCGA MC3数据集进行in silico实验,以分析技术因素的影响.
- 评估面板大小,突变检测参数和变异性等位基因频率切线.
主要成果:
- 面板大小超过1.04 Mb和389 基因是基本准确性所需的.
- 实体突变检测需要回忆精度差距低于0.179才能进行可靠的psTMB计算.
- 包括同义,无意义和热点突变,以及纯度≥20%的样本的5%VAF截止值,提高了准确性.
结论:
- 确定了导致基于面板的TMB测定变化的主要技术因素.
- 提出了全面的建议,以提高TMB分析的准确性和一致性.
- 这些发现支持临床实验室优化生物信息和方法细节,以进行可靠的TMB测试.


