扩展基于废水的监测方法,用于从针对SARS-CoV-2RNA量化优化的工作流中隔离DNA

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 流行病学 流行病学
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 基于废水的监测 (WBS) 是监测传染病传播的宝贵工具,主要使用像SARS-CoV-2这样的RNA目标.
• 扩大WBS包括DNA病原体需要适应现有的以RNA为中心的提取协议.

研究的目的:

• 修改RNA特定的废水提取工作流程,以改善DNA隔离.
• 评估珠子撞击对废水中DNA和RNA回收的影响.

主要方法:

• 在标准RNA提取工作流程中修改了样本度和珠子撞击步骤.
• 使用定量聚合酶链反应 (qPCR) 评估DNA和RNA恢复.

主要成果:

• 对细菌目标 (例如,Mycobacterium) 的DNA恢复显著改善,但对病毒的RNA恢复减少.
• 对RNA病毒的qPCR量化受到珠子撞击的负面影响.

结论:

• 建议采用单独的WBS工作流程:一种是不用于RNA病毒的珠子冲击,另一种是用于DNA病原体隔离的珠子冲击.
• 现有的SARS-CoV-2 WBS方法需要重新优化,以扩大对公共卫生的病原体检测能力.