在类风湿性关节炎中M1和M2突巨细胞的大规模计算建模
Naouel Zerrouk1,2, Rachel Alcraft3, Benjamin A Hall4
1GenHotel, Laboratoire Européen de Recherche Pour La Polyarthrite Rhumatoïde, University Paris-Saclay, University Evry, Evry, France.
NPJ systems biology and applications
|January 25, 2024
概括
这项研究开发了一个计算框架,以模拟类风湿性关节炎 (RA) 中的巨细胞行为. 它确定了潜在的药物标,如NFkB和GSK3B,以操纵RA治疗的巨类型.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 计算生物学 计算生物学
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 巨细胞在类风湿性关节炎 (RA) 中至关重要,具有M1 (促炎) 和M2 (抗炎) 类型的表型.
- 在RA中观察到M1/M2比率升高,但缺乏向的巨细胞疗法.
- 静态分子图局限于对RA中的动态巨细胞作用的理解.
研究的目的:
- 创建一个计算框架,用于RA中M1和M2巨细胞的动态建模.
- 确定RA中巨细胞表型的选择性调节的新型治疗标.
主要方法:
- 开发了一个计算框架,使用CaSQ将分子相互作用图转换为布尔模型.
- 利用一个高性能计算集群与更新的BMA工具来识别模型稳定状态.
- 使用基因表达数据和现有生物知识验证的模型吸引剂.
主要成果:
- 在RA中成功生成和校准了M1和M2巨细胞的布尔模型.
- 通过淘汰赛模拟识别了NFkB,JAK1/JAK2和ERK1/Notch1作为潜在的目标,以抑制通过淘汰赛模拟的炎症性巨细胞.
- 确定GSK3B是促进RA抗炎巨细胞的潜在目标.
结论:
- 开发的框架可以有效地动态建模RA中的巨细胞表型.
- 确定了特定的分子标,通过调节巨细胞极化,为开发新型RA疗法提供了潜力.
