通过使用与毒性相关的基因预测大肠杆菌菌病的主要感染源
Christian Schaadt Ilsby1, Frederik Boetius Hertz2,3, Henrik Westh4,5
1Department of Clinical Microbiology, Copenhagen University Hospital Hvidovre, Hvidovre, Denmark. chr.ilsby@gmail.com.
概括
大肠杆菌的病毒性相关基因 (VAG) 显示出预测尿路感染 (UTI) 作为细菌血症的来源的潜力. 然而,基因预测的准确性在医院类型之间有所不同,这限制了临床应用.
科学领域:
- 微生物学与传染病的研究
- 基因组学就是基因组学.
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 尿路感染 (UTI) 是细菌血症的常见原因之一.
- 准确识别细菌性血源对于有效治疗至关重要.
- 大肠杆菌 (E. coli) 是尿路感染和细菌病的常见致病原体.
研究的目的:
- 评估大肠杆菌病毒性相关基因 (VAG) 在预测尿路感染作为细菌性病源的有用性.
- 为了比较VAGs在两个不同的医院环境中的预测性表现:一般医院和三级推中心.
主要方法:
- 整个基因组测序 (WGS) 用于在224个大肠杆菌菌病分离物中识别358个VAG.
- 分析了VAG在确定尿路感染作为主要感染源方面的预测价值.
- 数据是在2018年10月至12月期间从丹麦的Hvidovre医院和Rigshospitalet收集的.
主要成果:
- 帕普基因家族,特别是papX和papGII,显示出高阳性预测值 (PPV) 的尿路感染作为细菌血症的来源.
- papX和papGII的PPV高 (分别为96%和93%),但敏感度中等 (54%和56%).
- 在这两家医院之间,VAG的预测力差异很大,在第三级推中心观察到的表现较差.
结论:
- 完整基因组测序数据可以用来预测大肠杆菌病的主要来源.
- 患者群体和医院专业化的差异影响了基于VAG的预测的有效性.
- 目前的VAG配置文件在各种医疗保健环境中广泛临床实施时存在挑战.
