一种无等离子体和高度耐药的Salmonella enterica的基因组特征在中国的Serovar Indiana隔离
Jiansen Gong1,2, Ximin Zeng3, Jingxiao Xu4
1Poultry Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Yangzhou 225125, China.
Veterinary sciences
|January 26, 2024
概括
这项研究揭示了一种无等离子体,多药耐药的印第安纳沙门氏菌菌株 (S1467),具有54个抗菌素耐药性基因. 一个独特的基因组岛屿表明横向基因转移是其高耐药性的关键机制.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性
背景情况:
- 多药耐药 (MDR) 沙门氏菌 (Salmonella enterica serovar) 印第安纳菌株正在中国出现.
- 耐药性通常与等离子体和整体体有关,但无等离子体菌株具有独特的挑战.
- 了解这些菌株耐药性的遗传基础对于公共卫生至关重要.
研究的目的:
- 描述一个无等离子体,高度耐药的印第安纳沙门氏菌菌株 (S1467) 的基因组.
- 识别抗微生物耐药性 (AMR) 基因并了解它们的基因组背景.
- 在没有等离子体的情况下,研究AMR获取的潜在机制.
主要方法:
- 使用Illumina HiSeq 2500和PacBio RS II的全基因组测序.
- 生物信息分析包括基因预测 (Prodigal) 和同质性搜索 (BLASTP).
- 基因组岛屿预测和分析已识别的遗传元素.
主要成果:
- S1467的基因组由4.99 Mb的染色体组成,有4709个ORF.
- 确定了54个AMR基因,在16个类别中赋予了耐药性,与表型耐药性相关.
- 发现了一个独特的~51kb基因组岛屿,其中包含了YeeVU毒素-抗毒素系统.
结论:
- 在S1467基因组岛上的AMR基因群可能起源于其他Enterobacteriaceae的集成等离子体.
- 这项研究增强了对无等离子体,MDR 沙门氏菌印第安纳州的基因组特征的理解.
- 这些发现强调了横向基因转移在AMR演变中的作用以及持续监测的必要性.
